สืบเนื่องจากมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 17 สิงหาคม 2519 กำหนดให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการที่เทียบเท่าต้องมีผู้ตรวจสอบภายใน เพื่อเป็นเครื่องมือของผู้บริหารในการตรวจสอบ ติดตามผลการปฏิบัติงาน นอกจากนี้ยังมีระเบียบกระทรวงการคลัง และสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินกำหนดบทบาทหน้าที่ของผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการ ที่ต้องปฏิบัติและรายงานผลการปฏิบัติงาน เช่น ระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2542 ระเบียบคณะกรรมการการตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วยการปฏิบัติหน้าที่ของผู้ตรวจสอบภายใน พ.ศ. 2546 ซึ่งกำหนดให้ผู้ตรวจสอบภายในมีหน้าที่ตรวจสอบความถูกต้องและเชื่อถือได้ของข้อมูล ตรวจสอบการปฏิบัติงานเกี่ยวกับการบริหารงบประมาณ การประเมินผลการปฏิบัติงาน การติดตามผลการตรวจสอบ ประสานงานกับผู้ตรวจสอบภายในระดับกระทรวง และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องกับการตรวจสอบภายในตามที่ได้รับมอบหมายจากหัวหน้าส่วนราชการ
ดังนั้น เพื่อให้มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี มีการดำเนินงานด้วยความโปร่งใส มีประสิทธิภาพประสิทธิผล ประหยัด และสามารถตรวจสอบได้ ผลการดำเนินงานบรรลุตามวัตถุประสงค์ขององค์กร ผู้บริหารมีความมั่นใจในข้อมูลหลักฐานต่าง ๆ ซึ่งจากเหตุผลดังกล่าวข้างต้นมหาวิทยาลัย จึงจัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายในตามประกาศมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี เรื่อง จัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายใน ตั้งแต่วันที่ 28 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549
